ولد عليه السلام في غرة رجب سنة (57هـ) يوم الجمعة وقيل سنة (56هـ) والده هو الإمام السجاد زين العابدين من ألمع سادات المسلمين علماً وفقهاً وتقى ومعرفة في جميع نواحي الحياة الإنسانية الراقية.
والدته هي السيدة الطاهرة فاطمة بنت الإمام الحسن سيد شباب أهل الجنة (الصديقة التي لم تدرك في آل الحسين مثلها) وحسبها سمواً أنها بضعة من ريحانة رسول الله (صلّى الله عليه وآله) تربى الإمام الباقر في حجرها الطاهر فغذته بلبنها الطاهر وأغدقت عليه أشعة سماوية من روحها الزكية حتى أصبحت من ذاتيته الشخصية تفيض جمالاً وتذكو جلالاً وتسمو كمالاً.
أولاده
ـ الذكور: الإمام جعفر الصادق، عبد الله، إبراهيم، عبيد الله، علي. ـ الإناث: السيدة زينب وأمها أم ولد، والسيدة أم سلمة وأمها أم ولد
أخوته الشهيد زيد – الحسين الأصغر – عبد الله الباهر – عمر الأشرف – علي
ألقابه ألقابه الكثيرة تدل على ملامح شخصيته العظيمة ونزعاته الرفيعة: الأمين (لقبه به جده الرسول الأكرم صلى الله عليه وآله). الشاكر. الهادي. الشبيه (لأنه كان يشبه جده رسول الله صلى الله عليه وآله) الصابر. الشاهد.
ملامحه أما عن ملامحه الشريفة فهي حسب ما يقول جابر بن عبد الله الأنصاري الصحابي العادل، كانت كملامح جده رسول الله (صلّى الله عليه وآله) وشمائله. وكما شابه جده الأكرم في صفاته الجسدية فقد شابهه أيضاً في صفاته الأخلاقية الكريمة. ووصفه بعض المعاصرين له فقال: إنه كان معتدل القامة، أسمر اللون، رقيق البشرة له خال، ضامر الكشح، حسن الصوت مطرق الرأس ، كريماً يتصدق على أصحاب الحاجة ويعتق العبيد ويكرم العلماء..
الذكاء المبكر عرف الصحابة ما يتحلى به الإمام الباقر (عليه السلام) منذ نعومة أظفاره بالعلم الغزير والمعرفة والواسعة فكانوا يرجعون إليه في كل المسائل التي لا يهتدون إلى حلها. يقول الرواة: إن جابر بن عبد الله الأنصاري وهو شيخ كبير، كان يأتيه فيجلس بين يديه ليتعلم.. وقد أعجب جابر من سعة دائرة العلم عند الإمام وعمق معارفه المتعددة فطفق يقول: (يا باقر لقد أوتيت الحكم صبياً)
الهيبة والوقار أهل البيت لهم ملامح خاصة تبدو عليهم هيبة الأنبياء ووقارهم، فما جلس معهم أحد إلا هابهم وأكبرهم. وقد تشرف فقيه أهل البصرة، قتادة، بمقابلة الإمام الباقر ولما رآه اضطرب قلبه من هيبته الموقرة وقال بعد المقابلة: (لقد جلست بين يدي الفقهاء وأمام ابن عباس فما اضطرب قلبي من أي أحد منهم مثل ما اضطرب قلبي منك) وهو يخاطب الإمام. لقد تجلت في شخصية الإمام الباقر سمات أبيه السجاد، زين العابدين وجده الإمام الحسين، سيد شباب أهل الجنة، وجديه: الإمام علي بن أبي طالب إمام المتقين والنبي الأكرم خاتم النبيين (صلّى الله عليه وآله).
نقش خاتمه كان الإمام الباقر يتختم بخاتم جده الإمام الحسين الذي كان نقشه (إن الله بالغ أمره) أما نقش خاتم الإمام الباقر فهو: (العزة لله جميعاً) وهذا مما يدل على انقطاعه التام إلى الله وشدة تعلقه به. حدث أحمد بن محمد، عن البرقي، عن وهب بن وهب، عن أبي عبد الله (عليه السلام) قال: كان نقش خاتم أبي (العزة لله جميعاً)
شعراؤه من الشعراء الذين اهتموا بالدعوة الإسلامية عامة وبالإمام الباقر خاصة الشاعر المعروف: كثير عزة، والشاعر: الكميت بن زيد الأسدي، والشاعر: الورد الأسدي شقيق الكميت، والشاعر: السيد الحميري.
بوابه جابر الجعفي، الصحابي التقي الجليل الذي روى عن الإمام أكثر الأحاديث.
ملوك عصره كانت مدة إمامته (عليه السلام) تسعة عشر عاماً، عاصر خلالها: الوليد بن عبد الملك، وسليمان بن عبد الملك، وعمر بن عبد العزيز، ويزيد بن عبد الملك، وهشام بن عبد الملك.
إقامته أقام (عليه السلام) طيلة حياته في يثرب دار الهجرة، ولم يبرحها إلى بلد آخر، وقد كان فيها الرائد الأكبر للحركات العلمية والثقافية والمعلم الأول، وقد اتخذ المسجد النبوي مدرسة له يلقي فيه محاضراته القيمة على طلابه إنه الإمام الباقر الذي بقر العلم بقراً وأظهره إظهاراً فملأ الدنيا بعلمه وحديثه ومحاوراته.
وفاته (عليه السلام) إلى الفردوس الأعلى كانت يوم الاثنين، السابع من ذي الحجة سنة 114هـ حيث عانقت روحه الطاهرة أرواح أجداده وأبيه عليهم جميعاً أفضل الصلاة والسلام في الجنة التي وعدهم بها الله جل جلاله. وله من العمر 58 سنة وقد انطوت بموته أروع صفحة من صفحات الرسالة الإسلامية التي أمدت العالم الإسلامي بأبهى آيات الوعي وأرقى درجات التطور وأنقى حالات الازدهار.
نصه على الإمام الصادق (عليه السلام) نص الإمام الباقر على إمامة ولده الإمام الصادق مرجعاً عاماً للأمة من بعده، وأوصى شيعته بلزوم أتباعه وطاعته. وكان الإمام يعرف مكانة ولده وأهليته فيشيد به ويدلل على إمامته فقد روى أبو الصباح الكناني، قال: نظر أبو جعفر إلى أبي عبد الله يمشي، فقال: ترى هذا؟ هذا من الذين قال الله عز وجل: (ونريد أن نمن على الذين استضعفوا في الأرض ونجعلهم أئمة ونجعلهم الوارثين)